材料结构的新未来:DNA折纸技术

DNA结构

DNA,简称”脱氧核糖核酸”,包含了生物进化的历史及遗传密码。DNA链太小,需要光学显微镜才能详细查看,不过我们仍然可以有目的操纵DNA折叠。

用于DNA折纸技术的纳米仪器

DNA折纸是什么?与传统折纸所选用材料不同,DNA折纸技术采用DNA链进行折叠。DNA折纸术是近年来提出的一种全新的DNA自组装的方法,是DNA纳米技术与DNA自组装领域的一个重大进展。
那么DNA折纸是如何实现的?
DNA链是由多种核苷酸所组成的聚合物。像磁铁一样,每个核苷酸的四种类型都有一个互补的”另一半”核苷酸所吸引。当两股DNA彼此靠近,互补的核苷酸自动吸引和绑定单元,形成所谓的”碱基对”(碱基互补配对原则),独特的螺旋结构也使得折纸技术更容易的实现,不过也相应的缺乏稳定性。
在用DNA制作各种图样时,先借助纳米仪器,绘制折叠物形状,然后用折叠的DNA长链将形状填满。而DNA短链就是固定折叠的DNA长链的”图钉”,有了它们,DNA长链组成的图形才不会散开。用计算机计算作品所需DNA短链的数量后,将这些DNA短链”钉”在长链构成的支架上。然后将DNA长链和短链一起放入一种碱性溶液加热,它们就会自动结合在一起,组合成人们想要的图案。
全过程可预先在电脑中设置,设置后DNA链将自动组建。简单的升温或者降温,在实现DNA纳米设备在不同结构状态之间切换,被证明尤为可靠。

小结构也有大用途
利用DNA创建结构的想法可以追溯到1980年代早期,当时纽约大学教授Nadrian Seeman开创了结构DNA纳米技术的概念。认为利用核苷酸互补规则和合成任意序列的DNA的能力,可以作为纳米级的建筑材料。
在2006年,加州理工学院的高级研究PaulW.K. Rothemund在Seeman的研究基础上发明了DNA折纸,证明通过”钉住”的过程,可以折叠长链成固定形状,并在在显微镜下可见。

显微镜下DNA折叠的“笑脸”

目前,科学家们利用DNA已在该领域创建了多种结构,静止结构如二维和三维晶体结构、毫微管、多面体和其他任意的造型,和功能结构如纳米机器、DNA计算机、药物载体。药物载体目前应用较多,可以通过打靶式的药物递送,针对病变部位以帮助抵抗疾病。

动态纳米机器工具箱

DNA以其独特的纳米尺度、分子线性结构、物理化学稳定性、力学刚性、自我识别能力以及自组装等优势,正逐步被应用于分子生物学和电子学领域。以DNA为模板,构筑纳米材料及分子器件,成为一个新的研究热点。

设计DNA
尽管对行业充满了期待,但DNA折纸技术仍然处于早期阶段。需要科学家们使用更好的工具来协助设计。如折纸般多样,DNA折纸术也需要更多精心的设计和拓展。

准备在显微镜下进行DNA折叠

打造DNA折纸需要三个基本阶段。“首先需要设计和确定DNA链结构。采购合成DNA链。最后将结合链放置在试管中,加热,再将其冷却。而对于工程需要的DNA纳米结构,则需要更多的DNA链及更复杂的相互作用。为了更容易及便捷的设计结构,欧特克研究小组针对纳米生物相关技术开发CAD工具设计。目前已经能够实现设计、组装和验证的过程,选用了Autodesk的logo标志作为第一个案例。

纳米结构的欧特克logo标志

目前,DNA折纸技术可采用开源软件caDNAno,可以采用Cadnano绘制2D图样,然后通过caDNAno插件导向Autodesk Maya或者采用Autodesk Molecule Viewer查看3D模型。通过新型软件CanDo或者oxDNA,还可用于预测最终设计的三维结构。未来迭代设计、纳米级3D打印及工具的进步将进一步简化其过程,丰富其功能。

 

本文转自欧特克大视界,作者:MATT ALDERTON